Un homme dont on ne voit pas le visage se réveille en entendant un bip de son vieil ordinateur. Il tape un message avant de prendre son petit-déjeuner et sa douche. Il dispose de tout le confort moderne, mais tout chez lui a un air rétro, notamment son tourne-disque. Il se fait ensuite une piqûre quand, soudain, il entend une violente explosion. Il se précipite aussitôt dans une pièce remplie d'armes, s'empare d'un fusil et regarde dans un périscope. Grâce à un système de miroirs placés stratégiquement le long de plusieurs tunnels, il peut voir ce qui se passe à l'extérieur et observe ainsi Jack et Locke penchés au-dessus de la trappe! Celle-ci abrite donc un homme mystérieux qui semble vivre là depuis très longtemps… De leur côté, Jack, Locke, Kate et Hurley ignorent que quelqu'un se cache dans la trappe. Quand Jack constate que l'échelle qui descend vers le fond a été détruite, il invite tout le monde à retourner au camp, car ils ne pourront jamais faire descendre les autres survivants, un par un, en une nuit.

En flash-back, Jack se remémore le jour où sa future femme a été amenée aux urgences. Elle est dans un état critique après un accident de voiture. Jack doit décider entre la soigner elle ou le conducteur de l'autre véhicule, et il choisit de s'occuper de la jeune femme, nommée Sarah. A cause de cela, l'autre blessé, Adam Rutherford, décède. Jack prend soin de Sarah qui lui dit qu'elle souhaite danser à son mariage, mais le jeune chirurgien a peu d'espoir de sauver les jambes de sa patiente.

Au campement de l'île, Charlie assure au reste des survivants que les Autres n'existent pas et que c'est Rousseau qui a allumé les feux et provoqué la panique pour s'emparer du bébé de Claire. Pendant ce temps, Shannon cherche désespérément Vince, le chien de Walt et s'enfonce dans la jungle suivie par Sayid. Soudain, elle entend des murmures et, quand elle se retourne, elle se retrouve fac à face avec Walt. Le jeune homme est trempé et lui fait signe de na pas faire de bruit. A cet instant, Sayid arrive sur les lieux. Shannon détourne la tête en le voyant, et quand elle se retourne, Walt a disparu.

Près de la trappe, Kate fait remarquer à ses compagnons que l'inscription "Quarantaine" figure sur la porte qu'ils ont fait sauter. Sur le chemin du retour au camp, la tension semble de plus en plus forte entre Jack, l'homme de science, et Locke, l'homme de foi. Ce dernier demande à Kate si elle a vu, elle aussi, le nuage noir qui l'a attiré dans un trou (1x25 L'exode). Quand elle acquiesce, il lui fait remarquer qu'elle est donc aussi folle que lui. De son côté, Hurley révèle à Jack qu'il a gagné à la loterie grâce aux chiffres inscrit sur la trappe. Il ajoute qu'il pense que les chiffres sont maudits. Cependant, Jack retient surtout son histoire qu'il a passé du temps dans un asile psychiatrique.

De retour aux grottes, Shannon annonce aux survivants qu'elle a vu Walt, mais personne ne la prend au sérieux. Quand Jack et les autres reviennent au camp, il explique à tout le monde la situation et fait de son mieux pour rassurer ses compagnons. Il décide de placer des hommes afin de garder l'accès des grottes et d'attendre le jour qui doit se lever dans trois heures. Mais Locke préfère retourner à la trappe équipé d'une longue corde. Kate le suit.

Quand elle rejoint Locke, Kate constate qu'il l'attendait. Ils décident que la jeune femme descendra au fond du long puits, accrochée à une corde tenue par Locke. Sa lente descente commence mais, soudain, elle hurle au moment où une lumière intense s'allume au fond du trou. Kate est alors tirée violement vers le bas et Locke ne parvient pas à retenir la corde. Kate a disparue… Un peu plus tard, Jack, inquiet, arrive sur lieux. Il ne voit personne et remarque une corde attachée à un arbre et descendant au fond du trou. Il décide alors de partir à la recherche de ses compagnons.

Nouveau flash-back. Jack reçoit le fiancé de Sarah qui ne semble pas prêt à l'épouser si elle ne peut plus avoir de relations sexuelles. Avant de l'opérer, jack rend visite à la jeune femme et lui fait la promesse de la remettre sur pied. Plus tard, après l'opération, Jack, déprime à l'idée de ne pas pouvoir tenir son engagement. Il s'entraîne dans un stade vide et monte les marches des gradins quatre à quatre. Un autre homme court lui aussi et, quand Jack tente d'aller au même rythme que lui, il trébuche et se tord la cheville. L'homme vient l'aider et ils commencent à discuter. L'étranger, qui s'appelle Desmond, explique qu'il s'exerce en vue d'une course autour du monde. Quand Jack lui parle de ses craintes pour Sarah, Desmond lui conseille de croire aux miracles.

Sur l'île, Jack est arrivé au bout du tunnel et trouve la lampe torche que Kate avait laissée tomber. Il se met à explorer les lieux et sort son arme. Il découvre ainsi une série de chiffre sur un mur accompagnés de l'inscription "malade", une porte magnétique, un réseau de canalisations et des miroirs qui semblent bouger à l'aide d'une commande à distance. Soudain, il entend de la musique et une lumière vive jaillit à nouveau du sol. Jack se réfugie derrière une porte et trouve une pièce surplombée d'un dôme et équipée de plusieurs ordinateurs, anciens, mais en parfait état de marche. Il s'approche des moniteurs, et c'est alors que Locke apparaît et lui demande de ne rien toucher. Jack le met en joue et exige de savoir où est Kate. Mais il constate simultanément qu'un autre homme se cache derrière Locke et le menace d'une arme.

Dernier flash-back. Jack est au chevet de Sarah et lui annonce qu'il n'a pu sauver ses jambes. Celle-ci sourit et lui demande pourquoi dans ce cas, elle peut remuer ses orteils. Surpris Jack constate que la jeune femme a en effet retrouvée l'usage de ses jambes. Fou de joie, il réalise que les miracles sont possibles.

Retour sur l'île. L'inconnu qui se trouve face à Jack tire un coup de semonce pour le forcer à baisser son arme. C'est à ce moment que Jack reconnaît le vidage du mystérieux personnage qui occupe ce bunker souterrain. Il s'agit de Desmond, l'homme qu'il avait rencontré dans le stade après l'opération de Sarah.