En se réveillant au beau milieu d'un paysage de carte postale, Jack se remémore l'horreur qu'il vient de vivre : le crash du vol 815. Il court dans tous les sens pour apporter les premiers secours à ceux qui en ont le plus besoin. A la nuit tombée, les 48 survivants découvrent que l'île est peut-être habitée par de mystérieuses créatures dont les grognements glacent le sang. Afin de pouvoir lancer un message de détresse, Jack, Kate et Charlie partent à la recherche du cockpit et d'une éventuelle radio.

Afin d'envoyer un message de détresse, un groupe de survivants (mené par Kate et Sayid) s'enfonce eu coeur de l'île où il se fait attaquer par un authentique ours polaire. Sawyer sauve la mise à tout le monde grâce au pistolet qu'il a trouvé sur le Marshall. Quand Sayid s'apprête à se servir du transmetteur pour envoyer un message, il capte un mystérieux signal qui semble émis en boucle depuis plus de 16 ans et qui dit "qu'ils sont tous morts".

Jack fait de son mieux pour sauver le Marshall, qui est toujours entre la vie et la mort. Quand il reprend connaissance, il révèle à Jack que Kate est une dangereuse fugitive qu'il raccompagnait aux Etats-Unis. De l'autre côté de l'île, le groupe qui est parti envoyer un message de détresse décide de passer la nuit dans la jungle. Les disparus prennent la décision de cacher aux autres leur rencontre avec l'ours polaire et la nature du message qu'ils ont capté afin de ne pas leur faire perdre espoir. Locke retrouve Vince.

Les vivres des survivants fondent comme neige au soleil . Locke décide de partir chasser les sangliers sauvages qui viennent chaque nuit manger les corps des morts qui sont coincés dans la carcasse du fuselage. Jack estime qu'il faut s'en débarrasser et propose de les brûler. Michael et Kate ont rejoint Locke dans sa partie de chasse afin de placer une antenne bricolée par Sayid qui servira à envoyer un message de détresse. C'est à ce moment qu'ils sont attaqués par "la chose". Seul Locke reste face à elle.

Jack est très affecté de n'avoir pu sauver une des survivantes qui se noyait, combiné au manque de sommeil il est enclin a des hallucinations. Il croit voir son père et il se met à suivre ce fantôme. Cette expérience hors du commun va le contraindre à réfléchir sur lui-même et ses facultés à assumer le rôle de leader pour mener le groupe. La quête de Jack n'est pas veine puisqu'il tombe sur une source d'eau dans une grotte qui fera un refuge parfait pour abriter les disparus.

Depuis que Jack a découvert la grotte, les disparus doivent décider s'il vaut mieux rester sur la plage ou s'installer dans la grotte. Sur la plage, une bataille éclate entre Michael et Jin. Ce dernier est menotté car il est incapable d'expliquer pourquoi il a attaqué Michael. Sun tente de justifier le comportement de son mari. Michael est choqué de découvrir qu'elle parle anglais, mais il décide de garder son secret et de libérer Jin.

Quand une partie de la grotte s'effondre, Jack est enseveli. Chacun y met du sien pour le sauver. Pendant ce temps, Locke entreprend d'aider Charlie à se désintoxiquer. Cette épreuve va permettre au rocker de revivre les bribes de son passé et de se montrer héroïque en sauvant Jack de sa "prison". Pendant ce temps, Sayid a bricolé 3 antennes qui lui permettront d'envoyer un signal, il faut juste les placer à des endroits stratégiques et les allumer en même temps. Alors qu'il s'enfonce dans la jungle, une personne arrive par derrière et l'assomme.

Quand Shannon est prise d'une crise d'asthme et que Boone ne trouve pas son inhalateur, il en déduit que Sawyer a dû le voler. Chacun tente de convaincre le paria, mais il ne veut rien entendre. Le passé de Sayid dans l'armée iraquienne en fait un candidat idéal pour un "tête-à-tête" avec Sawyer. Rien n'y fait, Sawyer veut juste un baiser de Kate, ce qu'elle consent à lui donner, mais il finit par avouer qu'il n'a pas l'inhalateur. Finalement Sun concocte une mixture à base d'eucalyptus ce qui soulage Shannon.

Sayid suit la côte quand il découvre un câble dans la mer qui traverse la plage et qui s'enfonce dans la forêt. Il tombe dans un piège tendu par Danielle Rousseau, qui est l'auteur du message que les disparus ont capté. Cette rencontre va permettre à Sayid de découvrir qu'il y a peut-être d'autres survivants sur l'île. Quand il arrive à échapper à la surveillance de Rousseau, il repart avec un tas de papiers dont le plan de l'île. Pendant ce temps, le reste des disparus se détend grâce à une partie de golf organisée par Hurley.

Claire est sujette à de violents cauchemars qu'elle croit réels. Jack tente de la rassurer en lui conseillant de se reposer. Néanmoins les évènements poussent Jack à charger Hurley de recenser toutes les personnes qui sont sur l'île. Sayid est de retour et fait part de ce qu'il a appris. Le recensement d'Hurley révèle qu'un certain Ethan Rom ne figurait pas sur la liste des passagers. Ils ont à peine le temps de s'inquiéter qu'ils s'aperçoivent que Charlie et Claire ont disparus.

Quand ils découvrent qu'Ethan a kidnappé Claire et Charlie, les disparus se mettent en route pour une chasse à l'homme à travers la jungle. Alors que Sawyer est bien décidé de rendre la monnaie de sa pièce à Sayid pour leur dernier "tête à tête", Jack et Kate découvrent Charlie, pendu à un arbre : Ethan ne voulait que Claire et son bébé. Jack se démène pour redonner vie à Charlie. De leurs côtés, Locke et Boone découvrent par hasard une mystérieuse trappe métallique.

Depuis le kidnapping de Claire, les survivants sont de plus en plus inquiets. Néanmoins certaines refusent toujours de s'installer dans la grotte. Kate et Sawyer découvrent une mallette qui appartenait au marshall. Kate semble très intéressée par son contenu, ce qui intrigue Sawyer qui garde la mallette. Kate est obligée de se tourner vers Jack qui trouve un moyen de faire céder Sawyer.

Dans le plus grand secret, Locke et Boone passent leur temps à déterrer la trappe métallique qu'ils ont découverte. Comme Boone commence à s'impatienter et qu'il a du mal à garder ce secret pour lui, Locke va lui faire vivre une expérience surnaturelle grâce à une mixture hallucinogène de son cru. De cette expérience, Boone en ressort transformé. En parallèle, Kate découvre que Sun parle une autre langue que le coréen, mais une fois de plus la coréenne lui demande de garder le secret.

Michael prend conscience qu'il ne peut rester plus longtemps sur l'île (en partie à cause de la mauvaise influence de Locke sur son fils) et décide de construire un radeau. Cette décision n'est pas du goût de Walt qui s'enfuit dans la jungle avec Vincent. Quand son père (accompagné de Locke) le retrouve, ils sont attaqués par un ours polaire. A la surprise générale, Claire réapparaît.

Claire tente de refaire surface même si la dernière chose dont elle se souvienne c'est le vole pour Los Angeles, après plus rien ! Charlie fait son possible pour l'aider à recouvrir la mémoire et retrouver la complicité qui les unissait avant le raft. Mais Ethan est de retour et il veut que Charlie lui rende Claire sans quoi il tuer tous les rescapés un par un. Devant une telle menace, la résistance s'organise autour de Jack. Après avoir tendu un piège à Ethan, Charlie peut lui faire payer le mal qu'il a fait à Claire.

Quand un sanglier vient fouiner dans la tente de Sawyer en pleine nuit, il se croît persécuté par la bête. Comme des évènements similaires se réitèrent, il décide de partir à la chasse du pachyderme. Accompagné de Kate, ils vont vivre une expérience singulière où ils dévoilent une face cachée de leur personnalité. Par ailleurs, Charlie ne se remet pas d'avoir tué Ethan de quatre balles. Souffrant d'un choc post-traumatique, Sayid tente de le réconforter.

La construction du radeau progresse jusqu'au soir où il prend feu mystérieusement. Très vite Jin est accusé du délit. Fou de rage Michael se jette sur le coréen. Comme personne ne les sépare, Sun intervient et les supplient de le laisser tranquille. L'ensemble des disparus est stupéfait de découvrir que Sun ne parle pas que coréen. Jin se sentant humilié préfère quitter sa femme et participe activement à la reconstruction du radeau. Locke découvre que c'est Walt qui a mis le feu car il ne voulait pas quitter l'île.

Quand Jack entreprend de retrouver Danielle Rousseau pour récupérer une batterie qui sera placé sur le radeau, Hurley découvre sur les papiers que Sayid à volés à Rousseau une suite de nombres qui sont identiques à ceux qui lui ont fait gagner le jackpot au Loto. Intrigué par cette coïncidence, Hurley veut retrouver la femme.

Locke commence à perdre patiente car la trappe résiste aux stratagèmes qu'il met en place. Quand un soir, il fait un cauchemar qui a l'air réel, il pense que l'île lui a envoyé un signe. Effectivement, en suivant les indices de son rêve, il trouve un avion qui s'est craché dans les arbres quelques années plus tôt. Le sort continue à s'acharner sur lui et il commence à perdre l'usage des ses jambes. Il envoie Boone explorer l'avion mais celui-ci fait une chute vertigineuse et le jeune homme est gravement blessé.

Jack tente tout ce qui est possible pour sauver Bonne mais l'état du jeune homme est plus que critique. Bien décidé ne pas abandonner, le docteur (assisté par Sun) envisage toutes les solutions mais rien n'y fait. Boone meurt. Avant de s'éteindre, il informe Jack au sujet de la trappe que Locke tient secrète. Au même moment, Claire, épaulée par Kate, Jin et Charlie, donne naissance à son fils. Quand Shannon revient d'une escapade romantique avec Sayid, elle découvre la mort de son frère.

Hurley organise les funérailles de Boone au cours desquelles Locke réapparaît en déclarant qu'il est responsable de la mort du jeune homme. Au fond d'elle, Shannon boue de colère et réclame vengeance. Elle demande à Sayid de tuer Locke, ce qu'il consent de faire par amour. Mais quand il se retrouve face à lui, Locke lui prouve sa sincérité en lui révélant ses secrets. Il finit par lui montrer la trappe.

Alors que le radeau s'apprête à prendre la mer, une bataille fait rage pour savoir qui pourra embarquer. Certains sont prêt a tout, même à empoisonner Michael, mais Jack découvre très vite qui tire les ficelles. Le radeau n'est pas le seul sujet de conversation, la trappe attire l'attention de tout le monde en particulier celle de Walt qui supplie Locke de ne pas l'ouvrir.

Un beau matin, Rousseau débarque sur la plage, pour avertir que les "Autres" vont bientôt arriver et que les disparus doivent fuir s'ils ne veulent pas mourir. Jack à l'idée de se servir de la trappe pour cacher la tribu. Pour cela il a besoin d'explosifs. Rousseau accompagne un petit groupe au Rocher Noir qui renferme de la dynamite. Finalement le radeau est mis à l'eau et le temps des adieux est venu.

Le groupe arrive au Rocher Noir, un ancien galion "échoué" en pleine jungle. Rousseau disparaît peu avant que Jack, Locke et Kate ressortent avec la dynamite. Après avoir choisi ceux qui porteront la dynamite, le groupe rebrousse chemin. Au camp, les disparus se sont réfugiés dans la grotte. Rousseau en profite pour kidnapper le fils de Claire : Sayid et Charlie la poursuivent dans la jungle.

Alors qu'il travers la jungle, le groupe de Jack est attaqué par "la chose". Elle traîne Locke en direction d'un trou. Jack arrive à temps armé d'un bâton de dynamite. Il suave la vie de Locke. Sayid et Charlie rattrapent Rousseau qui est dépitée car elle pensait "offrir" aux "Autres" le bébé en échange de sa fille disparue, mais ils ne sont pas au point de rendez-vous. Normal, les "Autres" accostent le radeau en pleine mer pour kidnapper Walt. Quand Jack et sa bande arrivent à la trappe, ils réussissent à l'ouvrir avec la dynamite. Ils découvrent un puit sans fond.