Jack, Kate, Locke et Hurley se penchent au dessus de la trappe qu'ils viennent de faire exploser. Locke souhaite y descendre afin de l'explorer tandis que Jack veut avertir les autres rescapés. Mais accompagné de Kate, Locke, bien déterminé, part découvrir ce que cache la trappe. De son côté, Shannon fait une drôle de rencontre dans la fôret : un visage familier.

Suite à l'attaque des pirates, Jin a dispari. Michael et Sawyer, de leur côté, sont toujours en mer et survivent avec ce qui reste de leur radeau mais les problèmes ne font que commencer. Sur l'île, Kate et Locke découvrent que la trappe contien un habitant, Desmond.

Sawyer et Michael débarquent sur l'île et retruvent enfin Jin. Malheureusement, un comité d'acceuil composé des "Autres" les attend. Jack, Kate et Locke en apprennent un peu plus sur la mystérieuse trappe et sur ses fonctions. Dans la jungle, deux nouveaux personnages font leur apparition, mais qui sont-ils vraiment?

Hurley est chargé d'une nouvelle responsabilité au sein du bunker, mais cela ne l'enchante pas. Certaines de ses craintes, notament en rapport avec les chiffres maudits, ressurgissent. De l'autre côté de l'île, Jin, Sawyer et Michael apprenent enfin qui sont ceux qui les retiennent captifs.

Michael est toujours obsédé par la disparition de Walt et veut le retrouver à tout prix. Sawyer et Jin doivent ramener les autres passagers jusqu'au camp des survivants ... sauf qu'ils ne sont pas seul dans la fôret.

En chemin vers le camp, les survivants sont ralentis à cause de la blessure de Sawyer, survenue lors de l'enlèvement de Walt. On retrouve également Boone, réapparaissant dans des bribes du passé de Shannon.

48 jours sur l'île avec les rescapés de l'arrière de l'avion. On comprend alors l'inquiétude permanente d'Ana Lucia et de ses camarades.

Ana Lucia fait la rencontre malheureuse de Sayid. Effrayée, elle décide de le ligoter. Eko ramène les derniers passagers au camp, ainsi que Sawyer pour qu'il soir soigné par Jack. Eko découvre également la trappe et une partie de ses fonctions.

Retour sur le passé chargé de Kate et surtout sur le crime qu'elle a commis. De plis, elle se rapproche d'un autre rescapé, mais va-t-elle le regretter... Dans le bunker, Michael agit d'un manière insolite avec l'ordinateur et Eko fait une étonnante révélation à Locke.

Le mystérieux Eko a un passé des plus étonnants qui offre une explication à la présence d'un avion plein de drogue dans la jungle. Michael, desepéré, part sur les traces de Walt contre l'avis de tous. Sur la plage, Claire se dispute avec Charlie à cause de "certaines" statuettes religieuse.

On en découvre un peu plus sur Jack et sur ses craintes. Ce dernier, accompagné de Locke et Sawyer, part sur les traces de Michael et fait une très mauvaise rencontre.

Charlie a fait un rêve bien étrange qui le charge d'une mission de protection d'Aaron, le fils de Claire. A cause de son comportement troublant, Claire accuse Charlie d'avoir repris de la drogue, ce qui créer des tensions supplémentaires entre eux.

Alors que sur l'île un des rescapés est étrangement agressé, on en apprend plus sur le passé criminel de Sawyer. Suite à cette attaque, Jack, préoccipé par un éventuel retour des "Autres", demande à Ana Lucia de former une armée avec le groupe de survivant.

L'énigmatique Rousseau fait son retour. Elle vient livrer à Sayid sa dernière capture, un homme étrange et chétif qui pourrait bien être l'un des "Autres". Intrigué par cet inconnu, Sayid décide d'en avoir le coeur net.

Rousseau fait une révélation à Claire : son bébé est en danger ! Suite à cet avertissement, Claire fait d'intrigants cauchemars qui la poussent à suivre Rousseau dans la jungle. Elle va y faire une incroyable découvert concernant son enlèvement.

Pendant que Jack et Locke ne cessent de se disputer à propos de leur prisonnier, Ana Lucia l'interroge seule. Afin de vérifier la crédibilité des informations obtenues, elle part dans la jungle avec Sayid et Charlie pour y retrouver une soi-disant "mongolfière"

Locke est le témoin infortuné d'évenements perturbateurs dans le bunker. Heureusement, Henry le prisonnier est lui aussi embarqué dans cette épreuve. Sayid, Ana Lucia et Charlie finnissent par découvrir le ballon d'Henry, mais ce ne sera pas la seul découverte ...

Hurley est sur un petit nuage car ses rapports avec Libby deviennent de plus en plus complices. Dans la trappe, Sayid et Ana Lucia font part à Jack de leur découvert sur Henry, alors que ce dernier fait une improbable confession à Locke ...

Bernard, le mari de Rose, en a assez d'attendre les secours qui tardent à venir. Il décide alors d'agir. Locke est obsedé par sa découverte dans le bunker et le doute de l'utilité d'appuyer sur le bouton. Un passager qui avait disparu fait également sa réapparition !

Après l'avoir retrouvé dans la jungle, Kate et Jack ramènent Michael au camp. Il est parvenu à repérer le campement des "Autres" et est déterminé à agir pour retrouver son fils. Ana Lucia est attaque par Henry, mais le dénouement sera innatendu ...

Suivant les prémonition de son rêve, Mr Eko aide John à retrouver la trace d'une mystérieuse localité sur l'île. Ensemble, ils feront une découvert au-delà de toute attente. Pendant ce temps, les autres passagers préparent une future riposte conte les "Autres".

Suite à l'évasion d'Henry, tout le monde est sur le qui-vive. Michael convainc Kate, Sawyer et Hurley de venir avec lui au campement des "Autres" afin de récupérer Walt. Sayid étant rejeté par Michael, il pense que celui-ci joue une double jeu et essaye de piéger ses amis.

Alors qu'ils font leurs adieux à Ana Lucia et Libby, les disparus découvrent un bateau qui se dirige ver eux. A bord se trouve Desmond ! A défaut de ne pouvoir fuir l'île, celui-ci se noie dans l'alcool... Sayid, persuadé de la trahison de Michael, propose à Jack un plan pour surprendre les "Autres"... Quant à Locke, agacé d'avoir été l'instrument d'une expérience durant tout le temps, arrete d'appuyer sur le bouton.

Après avoir poussé Michael à avouer ses véritables motivations au reste de l'équipe, Jack leur confie qu'il a un plan pour coincer les "Autres". Locke a convaincu Desmond de l'aider à découvrir ce qui se passe lorsque personne n'appuie sur le bouton une fois le compte à rebours écoulé. Eko, déterminé à les empêcher de commettre cette folie, veut utiliser des explosifs pour faire sauter la porte qui le sépare de l'ordinateur.